Ο Στράτος Μαρκίδης γεννήθηκε στο Κάιρο Αιγύπτου, ο πατέρας απ’ την Κρήτη και η μητέρα απ’ τη Λέσβο.
Τελείωσε το Τμήμα Σκηνοθεσίας της Σχολής Σταυράκου και από το πρώτο έτος δούλεψε σε πολλές ελληνικές ταινίες ως βοηθός σκηνοθέτη.
Στην τηλεόραση ως παραγωγός συνεργάστηκε με το MEGA και γύρισε τη σειρά «Άφρικα» στην Κένυα, και στον ΑΝΤ1 ως παραγωγός και σκηνοθέτης τη σειρά το «Μονοπάτι της αγάπης», που γυρίστηκε στο Λονδίνο και στις Σπέτσες. Στην Καζαμπλάνκα, στο Μαρακές και στη Μάλτα γύρισε τη σειρά «Τρικυμία». Ξανά επιστρέφει στην Αφρική, στη σαβάνα της Κένυας και στη Μομπάσα, και γυρίζει τη σειρά «Μαύρος Ωκεανός». Στον ΑΝΤ1 επίσης την ιατρική σειρά «Φιλί ζωής». Για τον ALPHA τη σειρά «Αρχιπέλαγος» στη Λέσβο. Στην Κρήτη γυρίζει για τον ΑΝΤ1 τη σειρά «Της αγάπης μαχαιριά». Το 2008 ως παραγωγός και σκηνοθέτης στον ALPHA γυρίζει τη σειρά «Για την καρδιά ενός αγγέλου». Και στην Τυνησία τη σειρά «Εξαφάνιση». Έχει γράψει δύο κινηματογραφικά σενάρια και σκηνοθέτησε τα remake τριών ταινιών των ΤσιφόρουΒασιλειάδη, τη δραματική ταινία «Το ξέσπασμα του φεγγαριού» και άλλες ταινίες. Σκηνοθετεί επίσης το ντοκιμαντέρ «Σαπφώ και άλλοι Λέσβιοι ποιητές».
Είναι συγγραφέας των βιβλίων Η ευτυχία της ανυπαρξίας και Πίσω από τις κάμερες.